當前燕巢區農產業正面臨轉型困境，包括第一級農產業生產的農業人口老化、農產品生產檢驗疑慮等，第二級農產業加工的加工單位不足、特色農產加工品項不多等，以及第三級農產業行銷的農產品銷售管道受限、農業觀光特色不足、商業模式不成熟等發展困境。